Beim hiesigen Studieninstitut (an der FH dürfte es nicht anders sein) läuft das alles geregelt ab. Alle paar Wochen einmal ins Sekretariat, dann abzeichnen, in welchem Umfang doziert wurde und kurz danach gibt es die brutto-für-netto Vergütung.
M.W.n. lassen sich die meisten Institute unterschreiben, dass man einverstanden ist, wenn zum Jahresende eine Sammelaufstellung an das zuständige Finanzamt geschickt wird... der Fiskus kennt dann zumindest dein erwirtschaftetes Einkommen und du deklarierst das dann sauber in der EkSt-Erklärung unter Berücksichtigung der Freibeträge. Ich habe immer geschaut, dass in Summe die (aktuell) 2.400€-Grenze für die Übungsleiterpauschale nicht gerissen wird.
Achtung:
Bei mehreren "Zuverdiensten" muss man aufpassen bzw. schauen, ob/inwiefern ein Teil ggf. unter die 720€-Ehrenamtspauschale fällt und zusätzlich steuerfrei bleibt (z.B. Aufwandsentschädigungen für Mitwirkung in kommunalpolitischen Vertretungsgremien etc.).