Moin,
ich versuche mal auf die Fragen einzugehen.
1.: Die Möglichkeit, sich als Wissenschaftler von der allgemeinen Versicherungspflicht in der VBL als Angestellter im öD befreien zu lassen, gab und gibt es nur, weil die befristeten Verträge etwa während der Promotion oft nicht ausreichen, um die Mindestversicherungszeit zu erreichen, welche benötigt wird, um aus der VBL-Klassik Rentenansprüche zu erwerben. Diese Mindestversicherungszeit ist aber nach einem Gerichtsurteil von ehemals 60 auf nun nur noch 36 Monate herabgesetzt worden, sodass sich bei einer Vertragslaufzeit von insgesamt mindestens 36 Monaten wieder die Versicherungspflicht ergibt. Daher hat dich dein AG entsprechend wieder zur Pflichtversicherung angemeldet, da du diese 3 Jahre Mindestvertraugslaufzeit mit deiner Verlängerung überschreitest.
2.: Ich bin kein Anwalt, Jurist o.Ä., würde aber nach Vorgenanntem wenig Spielraum sehen. Ob ein Widerspruch zu einer von dir gewünschten Lösung führt, lässt sich aber natürlich nur dadurch herausfinden, indem du ihn auch tatsächlich einlegst.
3.: Für die in die VBL-Extra von deinem AG bisher bezahlten Beiträge hast du auch jetzt schon einen entsprechenden Rentenanspruch. (Daher gab/ gibt es ja diese Ausnahmeregelung für Wissenschaftler, dass sie auch schon während dieser ggf. eher kurzen Phase im öD Ansprüche auf Betriebsrente erhalten können, selbst wenn sie die Mindestlaufzeit der VBL-Klassik nicht erreichen.) Mit der Anmeldung in der Pflichtversicherung (Klassik) läuft dort deine Versicherungszeit aber bei 0 los. Will sagen: Rentenansprüche aus der VBL-Klassik erhältst du erst, wenn du dort die Mindestversicherungszeit von 3 Jahren hinter dir hast. Die Zeit, in der dein AG zuvor nur in die VBL-Extra eingezahlt hat, bleiben dabei unberücksichtigt.
4. Soweit ich weiß, beläuft sich die Rückerstattung einzig und allein auf den gezahlten Eigenanteil von 1,41% des versorgungspflichtigen Bruttolohns, nicht auf die Sozialversicherungsbeiträge, die auf den AG-Anteil fällig werden. Also ja, diese Auszahlung ist tatsächlich ein Minus-Geschäft.