Der KGZ-Zeitraum von 39 Wochen läuft für jede neue Erkrankung neu, da wird nichts zusammen- oder angerechnet.
Wenn die AUs zusammenhängen, kann das nur berücksichtigt werden, wenn die neue AU innerhalb eines Jahres auftritt (12-Monats-Frist § 3 EFZG). Das kann in der Berechnung kompliziert werden, weil es auf Beginn und Ende der AUs ankommt.
In Deinem Fall liegt aber auch zwischen Ende AU 1 und Beginn AU 2 mehr als ein Jahr, also neuer Anspruch auf Entgeltfortzahlung und damit neuer Zeitraum für den Krankengeldzuschuss.
Allerdings besteht Anspruch auf KGZ nur, wenn auch Anspruch auf Krankengeld besteht, und die Fristen bei der Krankenkasse sind etwas anders.
Ob die AUs zusammenhängen, teilt übrigens die Krankenkasse dem ArbG mit (natürlich ohne Diagnosen).