Zumindest in unserer Behörde ist sowas nicht ungewöhnlich. Zum Beispiel kann man einen direkten Vorgesetzten (Dezernatsleiter oder so) haben welcher z.B. die Urlaubsanträge unterschreibt oder Personalgespräche führt usw. (ich nenn es mal organisatorischer Vorgesetzter) und einen Vorgesetzten der für das fachlich-inhaltlich zuständig ist (ich nenne es mal fachlich Vorgesetzten).
Der direkte Vorgesetze (organsiatorische Vorgesetzte) hat dann z.B. keine Befugnis zu sagen was man zu tun hat, also keine inhaltliche Weisungsbefugnis, das übernimmt der fachliche Vorgesetzte.
Das kann man auch auf die Spitze treiben: Man kann ja sowas wie ein Projektleiter sein und in der Funktion der (fachlich) Vorgesetzte des Projektteams sein. Wenn nun aber der eigene Dezernatsleiter einem als Mitarbeiter im Projektteam zugeordnet wird, was dann? Dann ist der Dezernatsleiter organisatorisch der Vorgesetzte des Mitarbeiters, der Mitarbeiter als Projektleiter aber gleichzeitig auch der fachlich Vorgesetzte seines eigenen Dezernatsleiter. Kommt hier häufiger vor, ist tatsächlich hier ein nicht geregelter Fall (hat man in den Regelungen wohl vergessen), ist aber auch egal - weil man sowieso zusammenarbeitet.
Insofern, meine Meinung dazu: Nimm das mit den Hierarchien nicht so ernst. Im Organigramm mag das alles schön ordentlich klar aussehen, in der Realität geht es da oft drunter und drüber und nicht selten weiß man nicht mal so genau jetzt wem vorgesetzt ist - oder es gibt gleich sich widersprechende Parallelstrukturen xD