An sich ist die Steuerklasse egal da sie nichts an der finalen Steuerlast ändert, wie Wasserkopp schon schrieb. Ist Geschmackssache ob man lieber nachzahlt oder dem Staat ein zinsloses Darlehen gibt.
Ich hoffe nur ihr hattet deine Frau in Lstk 3 für das vorhergehende Kind um das auf dem Netto basierende Elterngeld zu erhöhen.
Persönlich würde ich 4/4 (ggf. mit Faktor) machen, damit erstmal ein fairer Betrag auch beim Partner auf dem Gehaltszettel steht, bzw. 3 beim Partner falls direkt noch eine weitere Schwangerschaft ansteht.