Gehe ich recht in der Annahme, dass du schon unterschrieben hast?
Falls nein, dann braucht man sich nicht wegen irgendwelcher Fristen ärgern, sondern kann einfach förderliche Zeiten fordern und du der AG kann dich dort eingestuft, wie es deiner vorherigen Tätigkeitszeiten entspricht.
(§16.2 Satz 4)
Falls ja, schade, dass man nicht so etwas vorher klärt, aber dann ist dieses Kind schon in den Brunnen gefallen.
Nun musst du die Stufe 3 einklagen (da du mehr als 3 Jahre eB hast), da du der Meinung bist, dass deine eB noch existiert, da sie deiner Meinung nach unverfallbar ist und tariflich nirgends steht, dass sie nach 12 Monaten weg wäre. (Die Protokollerklärung 3 zu §16.2 bezieht sich nur auf Satz 2 nicht auf Satz 3, vielleicht ist das der Denkfehler der Personaler)
Alternative: Fordere die Zulage nach §16.5 von plus 2 Stufen (also dann das Entgelt der Stufe 3) als Kompensation, da du ansonsten dir einen neuen Ag suchen wirst.
btw: Mutterschutz und Elternzeitregelungen gilt nur für die Stufenzeiten bei der Anstellung, nicht für das was du ohne Anstellung machst oder im Bezug zu einer Neueinstellung.