Ok, hier laufen also zwei Dinge parallel, die du vereinbart hast:
Erst einmal die Höhergruppierung. Die führt von der EG 7/5 (via EG 8/4) in die EG 9a/3. Da der Höhergruppierungsgewinn niedriger ist als der Garantiebetrag (und dieser bei einer hypothetischen stufengleichen Höhergruppierung auch überschritten würde), wird anstatt dem Entgelt der EG9a/3, in der du dich mit der Höhergruppierung befunden hast, das bisherige Entgelt der EG 7/5 zuzüglich des Garantiebetrags gezahlt, derzeit also (für eine volle Stelle) 3388.03+180=3568.03 Euro Tabellenentgelt. Nun erfolgt der Stufenaufstieg in die EG 9a/4. Da auch dort das Tabellenentgelt niedriger ist als die gerade ermittelte Summe, wird weiterhin diese gezahlt -- bis zum nächsten Stufenaufstieg in die EG 9a/5.
Nun zur Zulage. Da hast du eine Vorweggewährung der "Stufe 5 bis zur regulären Zuordnung zur Stufe 5" ausgehandelt. Da du durch die Höhergruppierung in die EG 9a/3 gelangt bist, hatte diese Zulage genau die Höhe des Differenzbetrags aus den Entgelten der EG9a/5 und EG9a/3. Mit dem Stufenaufstieg in die EG 9a/4 sinkt sie also auf den Differenzbetrag der Entgelte der EG9a/5 und EG9a/4.
Da du nicht ausgehandelt hast, dass du eine Zulage einer Vorweggewährung von 2 Stufen erhältst und sich die Zulage nur auf die Tabellenentgelte, nicht aber auf Garantiebeträge (die wiederum selbst nur Zulagen sind) bezieht, ist es tatsächlich so, dass du während deiner Zeit in der EG9a/3 ein höheres Entgelt als in der EG9a/5 bezogen hast -- die Zulage also höher ausgefallen ist, als sie dem Namen nach erreichen wollte.
Du darfst dich also darüber freuen, dass du drei Jahre lang mehr ausgezahlt bekommen hast, als die Zulage formuliert war.