OK, nein, du hast Dich nicht falsch ausgedrückt - ich war vielmehr durch unsere Gleitzeitregelung geblendet

Eine über Gleitzeitstunden fest vereinbarte Freistellung ist wohl tatsächlich wie ein Wochenende zu betrachten. Hier gibt es dann keinen Anspruch auf "Wiederherstellung" der so in Krankheit verbrachten Zeit.
Bei uns gibt es den Gleittag in dieser Form aber gar nicht, sondern man bleibt nach Absprache mit den Vorgesetzten schlicht der Arbeit fern. Die nicht erbrachte Arbeitsleistung wird dann automatisch über das Gleitzeitkonto verrechnet. Reicht man aber eine AU ein, entsteht jene Arbeitsschuld erst gar nicht und es kommt so auch zu keiner Verrechnung.
Von daher kann ich dann doch nicht weiterhelfen, ob es in anderen Behörden die Möglichkeit gibt, fest vereinbarte Freistellungen auch wieder zurückzuziehen.